Кровля в базовой комплектации идет - ондулин.
Сборка каркаса на длинных деревянных шипах или правильнее сказать шпильках, наверно это и есть нагели? В терминологии путаюсь, пардон

Доплачивал отдельно, по 1000 рублей за венец, всего 25к.
Насчет типа врезки перегородки не совсем понял суть вопроса, перегородки выглядят монолитно, проблем не замечаю.
Углы врезаны в половинку дерева.
Утепление в стандартной комплектации шло - пол первого этажа 100 мм материала, на втором 50 мм. Я доплатил 7к за увеличение толщины на втором этаже, это мне сразу порекомендовали сделать.
Балки перекрытий - брус 10х15.
Я так думаю, что есть обживут, то 15 лет не срок для такой домика, стоять будет намного дольше. Естественно, мелочи придется подшаманивать, куда ж без этого.